Царица столь приблизила к себе Сененмута, что тот получил возможность вмешиваться в важные политические дела государства. Он был умён, проницателен и обладал прекрасными организаторскими способностями. О себе архитектор писал так: «Я был величайшим из великих во всей стране. Я был хранителем тайн царя во всех его дворцах, частным советником по правую руку владыки… Я был полезен царю, верен богам и беспорочен перед народом…» Родом Сененмут был из бедняков, а стал вторым человеком в государстве. Впрочем, для царского Египта это было естественным. Там умели ценить ум.

Царица отличалась также великой страстностью. Она имела нескольких фаворитов, которым разрешала участвовать в государственных делах и преподносила каждому щедрые дары. Но самым близким другом и любовником Хатшепсут считался архитектор Сененмут, который одновременно был назначен воспитателем дочери египетской царицы маленькой Нефрур. Девочка и любовник её матери были очень привязаны друг к другу, о чём свидетельствуют рисунки на стенах храма. Однако Нефрур умерла ещё в юном возрасте (предположительно в 1474 г. до н.э.). У царицы осталась вторая дочь, Меритра, которая, по предположениям учёных, могла родиться у Хатшепсут от архитектора. Она была выдана замуж за Тутмоса, и пасынок царицы стал к тому же и её зятем.

При храме, под нижней террасой, Сененмут тайно начал строить гробницу и для себя, чтобы после смерти быть ближе к возлюбленной. Однако свою усыпальницу он так и не закончил. Рисунки с изображением царского архитектора находились в самых секретных и недоступных уголках храма. Вероятнее всего потому, что фаворит создавал их втайне.

Царица-фараон Хатшепсут умерла в 1458 году до н.э. Смерть её по сей день остаётся загадкой. Гробница мудрой правительницы, которая находилась в Долине царей в «городе мёртвых» близ Луксора, оказалась пуста. Неподтверждённым является и тот факт, что царицу убили по приказу её пасынка. Некоторые исследователи считают, что в год восшествия на престол следующего египетского фараона Тутмоса III, царица вовсе не была мертва, а её лишь изгнали из страны. Остаётся таинственным и тот факт, что официальная гробница любимого архитектора женщины-фараона также при вскрытии была пуста. Возможно, они вместе были изгнаны из Египта.