В то же время кронпринц направил прошение папе римскому о расторжении брака с нелюбимой супругой. О письме узнал Франц Иосиф и в гневе потребовал от сына прекратить связь с баронессой Вечерой. Он грозился лишить его престола и, закрыв наследнику все денежные выплаты, выслать его из страны. Чувствительному и мягкому принцу пришлось уступить. Он пообещал отцу больше не встречаться с баронессой, но обманул Франца Иосифа. Не видеть Марию Рудольф не мог. Мария писала в то время своей подруге: «Я была бы счастлива, если бы мы могли жить пусть в хижине, но вместе». Любовники продолжали встречаться, но теперь их свидания держались в строгой тайне.

Ничего, казалось, не предвещало трагических событий. Накануне страшной ночи, 29 января 1889 года, кронпринц отправился на охоту. Его сопровождали слуга и два лучших друга — граф Хойос и князь Филипп. На ночь охотники должны были остановиться в небольшом замке Майерлинг, а утром вернуться обратно. Однако вечером Рудольф внезапно отказался охотиться и предпочёл остаться один. Друзья отъехали на охоту, а к ужину вернулись. Они застали кронпринца в приподнятом настроении, сели за стол и в весёлых разговорах просидели до поздней ночи, затем разошлись по своим комнатам.

Наутро Хойос и Филипп вышли к завтраку. Однако они напрасно ждали друга. Проходило время, а Рудольф не появлялся. Заподозрив неладное, они приказали слугам выбить дверь спальни принца и увидели там ужасающую картину: наследник лежал на полу с простреленной головой. Рядом в кровати, заваленная подушками, лежала Мария Вечера также со сквозной раной в голове.

На столике возле кровати слуги нашли три короткие записки, написанные любовниками. Рудольф писал жене: «Милая Стефания! Ты избавишься от моего присутствия… Я спокойно иду навстречу смерти, ибо лишь так могу сохранить своё имя». Юная баронесса Вечера оставила короткое письмо сестре и матери. «В блаженстве уходим мы в мир иной… Желаю тебе быть счастливой и выйти замуж по любви, — писала она сестре. — Я не могла этого сделать, но и своей любви противиться была не в силах. С нею и иду на смерть». Мать она просила: «Прости мне содеянное! Я не сумела превозмочь свою любовь… мне хотелось бы лежать рядом с ним на алландском кладбище. В смерти я буду счастливее, чем была в жизни».