Но когда он всё-таки узнал об измене супруги, то даже бурный скандал, учинённый им собственной жене, не сумел остановить тёплые отношения Конёнковой с великим учёным.

В конце 1943 года Альберт Эйнштейн подарил возлюбленной сочинённый им сонет, перевести который было очень сложно, настолько он был необычен:

Тебе не вырваться из семейного круга.

Это наше общее несчастье.

Сквозь небо неотвратимо

И правдиво проглядывает наше будущее,

Голова гудит, как улей,

Обессилели сердце и руки.

Ты говоришь, что любишь меня,

Но это не так.

Я зову на помощь Амура,

Чтобы уговорил тебя быть ко мне милосердной.

А.Е. Рождество. 1943 г.

Летом 1945 года Конёнковых вызвали на родину. За несколько дней до отъезда Маргарита прощалась с любимым Альбертом. Тот подарил ей золотые часы, которые много лет спустя были выставлены на знаменитом аукционе «Сотби».

При весьма странных и непонятных обстоятельствах, срочно собрав вещи, чета отплыла из Америки на отдельном пароходе, который был заказан самим Сталиным. По приезде в Москву вождь Советского Союза лично принял Конёнковых. По его приказу скульптору выделили отдельную мастерскую в районе Пушкинской площади. Так ещё не принимали ни одного деятеля искусства.

После отъезда любимой женщины, в ноябре 1945 года, подавленный разлукой Эйнштейн писал: «По прошествии времени ты, возможно, будешь с горечью воспринимать свою прочную связь со страной, где родилась. Но в отличие от меня у тебя есть ещё, возможно, несколько десятилетий для активной жизни и творчества. Я много думаю о тебе и от всего сердца желаю, чтобы ты с радостью и мужественно вступила в новую жизнь…»

Новая жизнь у неё действительно началась. В Москве Маргарита с головой ушла в домашнее хозяйство. Ни политика, ни работа её больше не интересовали. Она долго и мучительно переживала разлуку с любимым человеком, зная, что никогда больше не вернётся в далёкую страну, где была по-настоящему счастлива. Лишь письма, которые получала Конёнкова из Америки, могли скрасить её безрадостное существование на родине.